20世纪80年代以后，农村的经济体制和社会状况发生显著变化，传统农村合作医疗出现大面积滑坡，农村人口的90%左右需要自费医疗，农民因病致贫、因病返贫逐渐成为突出的社会问题。2002年10月，中央、国务院《关于进一步加强农村卫生工作的决定》明确提出：各级政府要积极引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度，到2010年在全国农村基本建立起新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，大病统筹、逐步向门诊医疗延伸的互助共济制度。遵循自愿参加，多方筹资；以收定支，保障适度；先行试点，逐步推广的原则。
与传统合作医疗相比，新农合的主要特点是：一是加大了政府的支持力度，中央和地方财政对参加新农合的农民给予一定补助；二是农民以家庭为单位自愿参加，体现了农民互助共济的合作原则；三是以县为单位统筹和组织实施，增强了抗风险和监管能力；四是以大额医疗费用补助为主，兼顾门诊小额费用补偿，重点减轻农民因患大病造成的经济负担，缓解农民“因病致贫、因病返贫”的矛盾；五是由政府负责和指导建立组织协调机构、经办机构和监督管理机构，加强领导、管理和监督，同时赋予农民知情权和监管权；六是同步推进农村医疗救助制度，改善最贫困人群的基本卫生保健问题。
2008年，新农合制度实现全面覆盖，参合人数超过8亿，成为世界上覆盖人数最多的医疗保障制度，形成了符合中国国情和农村实际的制度框架和管理运行机制。
在组织管理方面，建立了由政府领导、卫生部门主管、相关部门配合、经办机构运作、医疗机构服务、农民群众参与的管理运行机制。各县(市、区)普遍设立了新农合经办机构，成立了由相关部门和农民代表组成的新农合监督委员会。
在基金筹集方面，建立了以家庭为单位自愿参加，主要以县(市、区)为单位统筹、个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。各地积极探索和创新农民缴费方式，采取农民定时、定点主动缴纳，或委托信用社、定点医疗机构和乡镇财税所等机构代收，也有一些地方采取经村民代表大会通过后由村民委员会集中收取的办法。
在补偿范围方面，形成了以补助住院费用为主，逐步开展并扩大门诊统筹范围的统筹补偿方案，并有重点地针对儿童白血病、先天性心脏病等疾病，提高保障程度。
在费用结算方面，积极推行定点医疗机构即时结报的做法。参合农民在县内定点医疗机构就诊结算时当场结报医药费用，并积极推进省市级定点医疗机构即时结算工作。
在基金管理方面，建立了全国统一的新农合基金财务制度和基金会计制度。规定新农合统筹基金累计结余不超过当年统筹基金规模的25%，其中当年结余不超过当年统筹基金规模的15%，确保新农合基金用于当期参合农民受益。建立了有关部门和农民参与的以基金运行、审核报付为核心的监管制度，在乡、村公示大病医药费用补助情况，让农民参与监督管理。
在医疗机构监管方面，各地普遍建立定点医疗机构准入机制，实行动态管理。设立新农合基本诊疗和药品目录。探索采取单病种定额付费、按人头预付、按床日付费和医药费用清单制。加强结算审核和补偿报销情况的公示，加大对县域外定点医疗机构的监管力度。
新农合是现阶段我国农民基本医疗保障的重要形式，是我国农村卫生改革发展的一项重大制度创新。从总体上看，新农合制度进展顺利，运行平稳，一定程度上解决了农民因病致贫、返贫问题，开创了政府得民心、群众得实惠、卫生得发展的共赢局面。
一是覆盖面不断扩大。2003年，全国只有333个县(市)开展试点， 8000万农民参加。到2009年，全国已有2716个县(市、区)建立了新农合制度，覆盖了全国所有含农业人口的县(市、区)，参合农民8.33亿，参合率达94%。
二是筹资水平稳步提高。2003年，参合农民人均筹资标准为30元，2006年、2008年和2010年分别提高到50元、100元和150元，中央财政对中西部参合农民的人均补助标准从10元分别提高到20元、40元和60元，并对东部省份参合农民给予一定补助。全国新农合基金规模从2003年的40亿元提高到2009年的940多亿元，其中中央财政补助资金约270亿元。
三是统筹基金支出比例逐年增加，参合农民受益面和受益水平不断提高。统筹基金当年支出比例从试点初期的65%提高到2009年的97.73%，最大限度地保证了参合农民当期受益。 2009年参合农民受益7.59亿人次，住院补偿受益面为7.44%，比2008年提高了1.2个百分点，政策性住院费用报销比例已达到55%。
四是农村医疗机构服务条件得到改善，服务质量和水平有所提高。农村居民医疗卫生服务利用率不断提高。
(一)新农合的筹资水平还不高，与城镇差距明显，农民的医疗费用负担仍较重。目前新农合的人均筹资水平仅为113元，不仅远远低于城镇职工医保，也低于城镇居民医保2倍以上。经过努力，参合农民的住院政策补偿比例达到了55%，但能够补偿的药品和诊疗项目范围还比较窄，实际住院自付费用仍然较高。特别是到县外就医的实际补偿水平还较低，门诊看病费用也还没有得到较好解决，新农合的实际保障水平与群众的需求还有一定差距。
(二)尚未建立起稳定、长效的筹资机制。从2003年开始试点至今，新农合筹资标准采取了“一刀切”的做法，除部分经济较发达地区外，东、中、西部地区筹资标准基本一致，但由于这些地区经济社会发展水平差异较大，导致新农合实际保障水平差异明显；而筹资水平的增长所采取的中央政府主导的非制度化的调整方式，也不利于新农合制度的长远发展。亟需研究建立稳定可靠、合理增长的筹资机制，提高保障水平，增强新农合的吸引力。
(三)监管任务艰巨，管理能力薄弱。目前，各地通过内部调剂、借用人员或委托机构等办法，重点加强县级新农合管理经办机构建设，初步形成了一支新农合的管理经办队伍，人均服务约4万农民，用较低的成本支撑起新农合运行。但是机构建设不规范，工作经费短缺，人员不足，且流动性较大，机构不稳定。今年，全国新农合基金将超过1200亿元，定点医疗机构超过60万个，经办和监管任务繁重。
相对于新农合制度的快速发展，信息管理系统建设总体滞后，国家级平台建设还没有起步，给农民在省内和跨省就医结算造成不便，也给骗取、套取新农合基金的不法行为提供了可乘之机。
(四)农村医疗卫生机构的服务水平需进一步提高。农村卫生机构，特别是乡镇卫生院和村卫生室卫生技术人才缺乏的问题进一步显现。由于补偿机制不完善，医疗机构在一定程度上仍存在追逐经济利益的倾向，造成不规范的医疗行为和费用不合理上涨，极个别地方还出现了医疗机构弄虚作假、违规套取新农合补助资金的现象。
(五)新农合规范化管理缺乏法律的支撑。新农合制度实施以来，主要是通过政策文件来推动制度的建立和发展，然而，仅靠政策文件推动工作的做法已经不适应新农合的不断发展，迫切需要刚性更强、效力更高的法律法规对新农合相关主体的权利、义务、法律责任等作出明晰的界定，并建立相应的保障机制和违规处罚机制。
(六)新农合制度发展中存在的其他问题。一是在城乡医疗保障发展过程中，城乡居民基本医疗保障的政府补助标准差距有逐步扩大的趋势，不利于缩小城乡差距、统筹城乡协调发展。二是随着城镇居民医保的开展，制度间的衔接，农民工、流动人口的医疗保障既存在空白也有重复参保的问题。一些地方将农村中小学生统一纳入城镇居民基本医疗保险，改变了参合人群结构，加大了基金运行风险，也容易造成重复参保和参合。
(一)统筹城乡医疗保障发展，不断提高新农合保障能力，逐步缩小城乡医疗保障差距。
不断缩小城乡医疗保障的差距是统筹城乡发展的应有之义和必然要求。各级政府应在稳步提高新农合筹资标准，力争2012年达到每人每年筹资300元的基础上，逐步缩小政府在城乡医疗保障投入力度上的差距，使城乡医疗保障投入水平达到一致。
当前，城乡居民家庭经济状况差距较大、选择就诊的医疗机构水平等差别明显使得农村居民家庭整体医疗消费水平偏低。在筹资水平一致的情况下，医疗保障对象所在家庭的消费能力差异过大，将导致医疗保障资金不恰当地向消费能力较高的人群集中，进而掩盖医疗保障差距。因此，在城乡统筹的过程中，要充分尊重城乡二元结构将长期存在的现状，避免出现“穷帮富”现象。
(二)统筹医疗保障和卫生服务建设协调发展，加快推进四位一体基本医疗卫生服务制度建设。
医疗保障制度跟其他社会保障制度一样，都遵循着风险分担的原则和大数法则的原理，医疗保障无疑是社会保障事业的重要组成部分。但是，从医疗保障本身的规律来看，它与养老、工伤、失业等社会保险制度相比，又具有很大的特殊性。一是参与主体的多元性。医疗保障的主体不仅包括保障者和被保障对象，还包括医疗服务的提供方、药品供应体系等方面。二是服务内容的专业性。医疗保障的内容是被保障对象患病情况下获得医疗服务的权益，而医疗服务有着高度的专业分工。三是管理内容的复杂性。医疗保障管理不仅仅涉及基金安全本身，更重要的是要加强对医疗机构的综合管理。四是基金使用的时效性。医疗保障基金管理的核心并不是基金的保值增值和长期平衡，而是保障当期保障对象最大限度受益，减轻其医疗费用负担。这些特点共同决定了医疗保障制度高效运行的关键是医疗机构的综合管理，核心是医疗机构的价格和行为管理。医疗保障制度若要提高保障水平、改进保障对象获得医疗服务的质量，就离不开卫生服务体系合理、健全的运行机制。
医疗保障制度必然会向健康保障制度发展，从疾病津贴发展为不仅包括疾病津贴和疾病治疗，还包括保健、康复、健康教育等诸多项目的综合型制度。所以，只有医疗保障与卫生服务体系协调发展，才能真正保障人民群众获得最大健康利益。《中央、国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》提出的要形成公共卫生服务体系、医疗服务体系、医疗保障体系、药品供应保障体系四位一体，相辅相成，配套建设，协调发展的基本医疗卫生制度的总体要求，正是对医疗保障规律及其发展方向的深刻总结和集中阐述。
在新农合制度实现全面覆盖以后，工作重点从快速推进转变为推动持续健康发展。面对农村居民日益释放的医疗消费需求和随着基金规模日益增加带来的越来越繁重的基金监管压力，各级政府要不断加大力度，推进新农合精细化管理。
一是要不断规范和完善新农合运行机制。在国家的指导原则下，各省(区、市)制定相对统一的统筹补偿方案，避免高等级医疗机构补偿水平差异过大，提高统筹补偿方案的科学性和合理性，规范基金使用，提高基金使用效率，使有限的基金发挥最大的效益。大力推进门诊统筹工作，扩大农民受益。2010年，要在全国50%的统筹地区开展门诊统筹，加快推进新农合省市级定点医疗机构即时结报工作。
二是探索开展门诊总额预付、单病种付费、按床日付费等支付方式改革，引导医疗机构及其从业人员自觉规范行为，促进医疗机构健康发展，降低新农合基金风险。2010年，要在全国10%的统筹地区开展支付方式改革。
三是大力加强新农合的监督管理。全面加强对新农合的基金监管和定点医疗机构监管。继续完善并坚持新农合的县、乡、村公示制度，规范群众举报、投诉办法，加强社会监督。组织相关部门开展新农合专项督导，检查各地新农合制度的执行和落实情况。加强新农合基金的专项审计。研究制定新农合工作的奖励办法和违规违纪处罚办法。
四是继续加强新农合管理能力建设。按照国务院“三定方案”，指导各地落实好卫生部门负责新农合综合管理的要求。本着精简、高效的原则，推动各地新农合管理经办机构建设，有针对性地加强人员业务培训，加强监督和管理，积极探索商业保险公司经办新农合的新模式。逐步完善新农合信息系统，提高管理水平。
五是加快推进新农合立法工作。亟需以法律法规的形式将新农合工作中行之有效的做法固定下来，把新农合纳入法制化、规范化管理的轨道。
六是加强新农合与相关制度的衔接。进一步加强新农合与农村医疗救助制度在补偿方案上的衔接，推广两个制度补偿报销的一站式服务，更加方便贫困农民就医。加强新农合与城镇职工和城镇居民医保的衔接，做好流动人口的基本医疗保障工作，合理划分两项制度的覆盖人群范围。坚持以户为单位自愿参加的原则，做好城乡中、小学生参加相应的保障制度的工作。尊重城乡居民的自主选择，防止重复参保和参合。