20世纪90年代初开始，党和政府再度寄希望于合作医疗，努力探索建立适合我国特点的农村医疗保障制度。为重建农村合作医疗，中央下达了一系列文件，并制定了相应的政策。1991年，国务院批转了卫生部等部委提出的《关于改革和加强农村医疗卫生工作的请示》的通知，指出要稳步推行合作医疗保健制度，为实现人人享有卫生保健提供社会保障。1992年，全国很多地方出现了短暂的重建合作医疗的热潮。为此，积极倡导合作医疗的原卫生部部长钱信忠在《人民日报》上撰文《重振合作医疗的雄风》。然而，在合作医疗复办刚刚有起色时，农业部为减轻农民负担，对包括合作医疗在内的收钱收物政策强令叫停，合作医疗制度的复办工作遭遇挫折。为了维护合作医疗的珍稀成果，中央赶紧下令为合作医疗正名。1993年，中央在《关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》中提出，要“发展和完善农村合作医疗制度”。第二年，国务院研究室、卫生部、农业部与世界卫生组织合作，在全国7个省14个县开展了“中国农村合作医疗制度改革”试点及跟踪研究工作。在1996年全国卫生工作会议上，讲话指出，“现在许多农村发展合作医疗，深得民心，人民把它称为‘民心工程’和‘德政’。看来，加强农村卫生工作，关键是发展和完善农村合作医疗制度。这是长期实践经验的总结，符合中国国情，符合农民愿望。要进一步统一认识，加强领导，积极、稳妥地把这件事办好。”《中国卫生年鉴（1997）》，人民卫生出版社1998年版，第10页。1997年1月，中央和国务院在《关于卫生改革与发展的决定》中，更加明确地提出要“积极稳妥发展和完善合作医疗制度”。为了贯彻这一决定，同年3月卫生部等部门向国务院提交了《关于发展和完善农村合作医疗若干意见》，国务院很快批转了这一文件。11月7日，卫生部又发出了《关于进一步推动合作医疗的通知》。这一系列努力促成了1997年复办合作医疗的一次小高潮。全国有24个省、自治区、直辖市先后出台了加强农村合作医疗的政策性文件，有18个省、自治区政府专门召开了农村合作医疗工作会议，制定合作医疗发展规划，12个省举办了医疗培训班，各省在不同类型地区抓了917个县进行合作医疗试点。《中国卫生年鉴（1998）》，人民卫生出版社1998年版，第31页。然而可惜的是，合作医疗的重建工作并没有得到平稳持续的发展，成效也并不理想。据1998年第二次国家卫生服务调查结果显示，农村享有医疗保障的人口比例总计为1268%，其中参加合作医疗的仅为65%。第二次国家卫生服务调查（1998），见http：//govcn/statistics/ronhs98/indexhtm。究其原因，政府对合作医疗投入不足，农民对合作医疗缺乏信任，以及制度自身设计不完善等因素制约了它的重建。1998年，十五届三中全会通过的《中央关于农业和农村工作若干重大问题的指导意见》强调，“完善农村医疗卫生设施，稳步发展合作医疗，提高农民健康水平。”国家对复办合作医疗的态度并没有因为遇到困难而改变，而是愈挫愈坚。进入21世纪后，卫生部加大了农村合作医疗的调研工作，党组成员分别带队深入经济发展水平不同的农村，发现和分析农村医疗保障中的实际问题，在吸取合作医疗的成功经验和失败教训的基础上，开启了新型农村合作医疗的建设历程。
新世纪开始，我国进入全面建设小康社会，加快推进现代化建设的发展阶段。党和国家在总结新中国50年来农村卫生工作的成绩和问题的基础上，对农村卫生工作的重要性有了更加明晰的认识。指出：“农村卫生工作直接关系到农村的发展、农业的繁荣和农民的健康，关系到我国经济和社会发展目标的实现。”《中国卫生年鉴（2003）》，人民卫生出版社2004年版，第9页。中央的高度重视为农村医疗保障制度建设带来了新的局面。
2001年5月，国务院转发了由国务院体改办等五部委起草的《关于农村卫生改革与发展的指导意见》，初步确定了农村卫生事业的发展方向和政策原则。同时，《中国农村初级卫生保健发展纲要（2001~2010年）》由卫生部等七部委联合下发。农村卫生工作被放置在了全国卫生工作的首位，成为发展国民经济所要解决的重要问题之一。2002年1月，国务院便决定年内以中央和国务院名义召开全国农村卫生工作会议，制定关于农村卫生工作的决定。10月29日，经过10个月的起草和研讨，30多次易稿，中央、国务院发布了《关于进一步加强农村卫生工作的决定》（以下简称《决定》）。《决定》要求逐步建立新型农村合作医疗制度，“到2010年，新型农村合作医疗制度要基本覆盖农村居民”。《中国卫生年鉴（2003）》，人民卫生出版社2004年版，第8页。这是中央首次正式提出“新型农村合作医疗”的概念和目标。同一天，建国以来第一次由国务院主持召开的全国农村卫生工作会议开幕。会议认真贯彻《决定》精神，对建立新型农村合作医疗制度、深化农村卫生机构改革、落实农村卫生补助政策、加强农村卫生人才培养和队伍建设、开展城市卫生支援农村卫生工作和加强乡村医生管理等问题进行深入研究，目的是精心谋划、下定决心、统一思想，为顺利实施新型农村合作医疗制度奠定基础。同年12月28日，九届人大审议通过了《中华人民共和国农业法（修订草稿）》，其中强调建立农民医疗保障制度，指出国家鼓励支持农民巩固和发展农村合作医疗和其他形式医疗保险，提高农民健康水平。这样，将建设农民合作医疗和医疗保险的目标以国家法律的形式确定下来，为新型农村合作医疗制度的确立提供了法律依据。
2003年1月16日，国务院办公厅转发了卫生部、财政部、农业部联合制定的《关于建立新型农村合作医疗制度的意见》，对新型农村合作医疗建立过程中的方式方法问题，如目标原则、组织管理、筹资标准、资金管理、医疗服务管理和组织实施等做了具体、明确的规定和指导。应该说，新型农村合作医疗源出于合作医疗的实践与经验，其产生的初衷、推广普及的路径、政策保障的目标，以及农村居民接受的心理等都与合作医疗直接相关。但在间隔近20年之后，新型农村合作医疗制度所面对的中国社会已经发生了翻天覆地的变化，国家经济水平、医疗技术能力、农民思想意识以及农民主要病症模式都今非昔比，因此，新型农村合作医疗增加了政府投入的责任，在筹资、报销和管理及其保险水平等方面都与传统合作医疗有着根本的不同。
第一，新型农村合作医疗制度的定义更加科学、准确、具体，“是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。”而传统合作医疗制度的内涵，无论是1960年第一次出现在中的表述，还是在1979年的《农村合作医疗章程（试行草稿）》、1991年的《关于改革和加强农村医疗卫生工作的请示》中的概括，都比较简约，仅强调了“依靠集体力量”，是“社员群众的集体福利事业”、“筹集医疗预防保健费用的各种形式的医疗保健制度”。
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